本宮草創於清嘉慶元年前(西元1796年前)，斯時，宮址有一溪流朝暮潺潺流著不習，有一天孩童在溪畔拾一佛象，奇哉，該孩童在溪畔用泥土假造一形似小廟在玩耍，並稱曰：新興宮復將此一佛像安置於小廟內。後受來往信女焚香膜拜，靈驗顯赫奇蹟卓著，有其求必有其應，香火日盛信者漸增，時有大陸福建地方一善信，一夜在夢中夢見一神祇現身稱神農氏，因遊境台灣至斗六門時金身受當地善信安座在小廟內奉祀，托其興建新興宮之異夢，因夢境逼真逐自大陸運來石柱一副並說明因由，附近居民更以神靈為奇事，地方善信即捐錢出力為大帝興建廟宇合力建成新興宮，奉祀神 農大帝為本宮主神。

清嘉慶元年(西元1796年)在因緣際會下由高僧自湄洲祖廟迎請 天上聖母(四媽軟身)，金身來宮奉祀，巡狩轄域斗六堡境內，經歷道光二十八年，沈長盛倡捐監修新興宮，咸豐年間士民捐資重修，嗣因年數久遠時有傾頹之慮，至宣統辛亥三年間由地方士紳吳貫世、吳盛金，倡導重修捐獻七百八十元作為重修工資，於民國六年重修一次，迨至民國十七年(歲次戊辰)六月復由地方善信出錢出力重新修建巍峨宮貌，奉祀天上聖母(四媽會媽祖)，然於民國二十六年日據時代日本人推行皇民化運動，不幸將原建於斗六街頭所奉祀天上聖母之媽祖廟焚毀，同時新興宮因設有學堂夜間為文盲教習語文，故地方士紳陳情免被拆除，又信徒心誠不避危難，神尊移駕「草嶺」，故金身得以保全未遭焚毀，於風聲鶴唳過後迎回四媽回鸞奉祀。

自此新興宮成為斗六地區媽祖信仰中心，信徒來廟參拜者日增，因此地方士紳逐於民國五十年正式成立第一屆管理委員會由信徒選任吳榮洲為主任委員，第二、三屆沈傳利為主任委員，第四屆沈鴻仁為主任委員，第五、六、七、八、九屆王瑞棠主任委員，第十、十一屆王傳財為主任委員，在主任委員王瑞棠，鑑于信者日增，且原建於土磚造廟狹窄為顧及參拜安全，經召開信徒大會議決，授權管理委員會拆除舊建物，籌募資金重建鋼筋混凝土廟宇，即由管理員會全體委員監事共同努力推動，始於民國六十六年二月拆除，歷經共七年時間，於民國七十三年間竣工，即舉行入火安座。 爾後 第十二、十三屆盧元山為主任委員，繼續秉承斗六開基媽祖之神旨，弘揚聖德，造福群眾，服務社會之一貫宗旨，將斗六開基媽聞聲救苦，傳達善念，慈悲為懷之精神發揚光大；民國九十八年八月第十四屆起，業經信徒大會議決通過，由斗六開基媽祖親自採擲筊方式遴選委員、監事，而賴建文榮獲聖母遴選為第十四屆現任主任委員。　　

本宮所奉祀天上聖母開基四媽(斗六開基媽)，初步估算從清嘉慶元年(西元1796年)至今，護佑地方黎民，風調雨順，已有二百多年，十方善信絡繹前來參拜，香火鼎盛，祈香煙傳萬代，合境永平安。