西元一六六一年四月三十日，民族英雄鄭成功率領四百餘戰艦抵達台灣鹿耳門外沙線，因水淺船隻無法行駛，鄭氏乃設香案焚香祝禱祈求媽祖助漲潮水；果然水升丈餘，於是揮軍登陸鹿耳門南岸北汕尾嶼，進而趕走荷蘭人，收復台灣，因而改寫了台灣的歷史，鹿耳門遂成為偉大的古蹟。

台南市安南區鹿耳門天后宮，於明永曆十五年 (西元一六六一年) 民族英雄鄭成功登陸後首建，由於歷史悠久，媽祖威靈顯赫，常年有大批男女信徒從全國各地前來進香膜拜。根據歷史文獻記載，鹿耳門天后宮，原由鄭成功建在登陸地即北汕尾嶼，當時稱作“媽祖宮”，奉祀天上聖母；清康熙五十八年由百官捐俸擴建為“天后宮”，咸豐五年，台灣總鎮府邵連科與曾元福各官暨三郊公局等商賈捐資重興，同治十年，曾文溪改道，天后宮遭沖毀，「開基媽祖」神像暫祀民家，民國三十六年再重建，民國六十六年復重建，目前尚未完成。

鹿耳門天后宮供奉的鄭成功隨艦媽祖，係大陸稀產寶貴之“宣芝木材”雕刻而成，其手法出自名家，亦是台灣此種千年材質獨一無二的媽祖神像。鹿耳門天后宮除媽祖神威顯赫外，另陳列有市政府疏浚鹿耳門溪時於古廟址出土的古天后宮“重興天后宮碑記”、“新建鹿耳門公館碑記”，以及其它古器物，實質反映了台灣古代工商業發展情形和大陸間血濃於水的關係，同時亦說明了鹿耳門天后宮這座古廟當年不但是信仰所繫，也是海上交通及工商發展上佔有之重要地位，而在歷史上留下其長遠的影響。

鹿耳門天后宮，宮殿巍峨雄壯，正門俯視鹿耳門港口，南對安平古堡與四草砲台，東望萬頃台灣最大鹽場 (台南科技工業區建地) 西臨台灣海峽，沿海有青翠茂密的防風林，迤前為聞名的鹿耳門古港道；今鹿耳古港道遍植蚵架，竹筏橫臥，偶爾帆影兩三點綴溪面，朝暉夕陰，令人有發思古之幽情。

鹿耳門天后宮於民國七十三年舉辦台灣首次之“甲子年護國祈安羅天大醮”，歷時四十九天，由當時台南市長蘇南成擔任總主會，一時中外嘉賓雲集，典禮莊嚴盛大，在數萬信徒、龐大藝陣，遵循古禮之下，自鹿耳門古天后宮遺址沿鹿耳門溪，護送「媽祖船」進入台灣海峽，尋覓當年延平郡王鄭成功登陸鹿耳門南岸北汕尾島的路線，以緬懷鄭王復台之豐功偉績。